Vương quốc mà Sancho VI được thừa hưởng bị suy yếu một cách nghiêm trọng, bị Alfonso VII của Castilla và Ramon Berenguer IV của Aragon chia sẻ qua Hiệp ước Carrión vào năm 1140. Để lấy lại vị thế, Sancho đã cố gắng mở rộng biên giới vương quốc của mình, vốn đang dần bị cắt giảm bởi các Hiệp ước Tudején và Carrión, mà ông đã buộc phải ký với Castile và Aragón trong thời kỳ đầu trị vì của mình. Bởi Hiệp ước Soria, Castila cuối cùng đã được xác nhận sở hữu các lãnh thổ bị chinh phục. Đối mặt với việc quân đội người Castila có thể tiếp quản các vùng lãnh thổ xa hơn ở phía tây Navarra, Sancho VI đã tái khẳng định quyền lực hoàng gia bằng cách thành lập một số thị trấn vào năm 1181, bao gồm San Sebastián, Vitoria và Treviño, trong số những thị trấn khác.

Ông có mối quan hệ thù địch với Bá tước Raymond Berengar IV xứ Barcelona, ​​nhưng con trai của Raymond là Vua Alfonso II của Aragon đã chia các vùng đất lấy từ Murcia với ông theo hiệp ước Sangüesa vào năm 1168. Năm 1190, hai nước láng giềng một lần nữa ký một hiệp ước bảo vệ lẫn nhau ở Borja chống lại Mở rộng Castile.

Ông mất vào ngày 27 tháng 6 năm 1194, tại Pamplona, cũng là ​​nơi ông được chôn cất.[2]